保护区内植被属青藏高原植被区的森林草原地带。植被的坡向分布差异明显，森林植被主要分布于阴坡和半阴坡，阳坡则主要是灌丛、草原和草甸，局部分布有旱生针叶林，出现了“阴阳坡”的植被景观。垂直分布自下而上分为4个带谱。2485～2700m为山地针阔叶混交林带，2700～3600m为亚高山寒温性针叶林带，3600～4000m为高山灌丛草甸带，4000～4200m为高山流石滩稀疏植被带。由于地处青藏高原、黄土高原和秦巴山地的交汇区，海拔高差变化大，地形错综复杂，适合各种森林植被的生长，因而区内植被具有区系复杂、种类丰富、类型多样、过渡性强和垂直分布明显等特点。据最新科考结果，区内现有7个植被型组、12个植被型、20个群系组、52个群系和89个群丛

（1）野生植物种类：区内共有高等植物约1275种，隶属110科410属，分别占全国高等植物科、属、种数量的24.0%、11.2%和4.4%。其中蕨类植物17种，隶属7科12属；苔鲜植物39种，隶属19科32属；种子植物1219种，隶属84科366属，占甘肃种子植物种数的31.5%。木本植物属有65个，占保护区总属数的15.8%，木本植物共计240种，占保护区总种数的18.8%。

（2）野生珍稀保护植物：区内共有国家重点保护植物29种，其中Ⅰ级1种，Ⅱ级28种。本次科考发现的甘肃新纪录种17种，其中洮河流域新纪录种5种；在保护区范围首次发现的植物种类主要有独叶草、银线草、狭萼茶藨子、美丽胡枝子、密生波罗花、水母雪莲、星状风毛菊、天蓝韭、细叶百合、鹿药、盘龙参（绶草）等。

（3）野生经济植物：由于独特的地理位置和生境条件，区内还蕴藏了丰富的野生经济植物，计有各类资源植物720种，分属78科305属，分别占保护区种子植物科、属、种数量的70.9%、74.4%和56.5%；其中药用植物533种，油料植物共83种，淀粉植物共24种，纤维植物共49种，单宁植物51种，野生果菜83种，观赏植物176种，牧草117种，蜜源植物36种，主要造林树种114种，重点造林树种39种。

（4）森林资源：保护区森林资源具有七大特点：一是森林分布不均、地域差异明显；二是树种单纯、阔叶林面积少；三是林龄结构不合理、中小径林木多；四是林分生长率较低、自然枯损量大；五是林相整齐、中密度林分多、密林少、天然更新良；六是森林多分布于较陡山坡；七是森林生态系统较完整、生态功能强。森林植被以寒温性针叶林为主，包括冷杉林、云杉林、落叶松林、圆柏林、红桦林、白桦林、山杨林、辽东栎林、油松林等森林类型。主要分布在阴坡及半阴坡。区内林业用地总面积261531 hm²，其中：有林地100604hm²， 疏林地962hm² ，灌木林地104067hm²，未成林造林地2184hm² ，苗圃地31hm²，无立木林地33641hm²，宜林地19810hm²，林业辅助生产用地232hm²。全区森林面积127642hm²，森林覆盖率44.36%。全区活立木总蓄积量18816026.43m³，其中：有林地18775110.00 m³，疏林地28403.43m³，散生木12513.00m³，分别占活立木总蓄积量的99.78%、0.15%和0.07%。林分平均每公顷蓄积量为186.63m³，平均郁闭度为0.48，平均胸径19.02 cm。森林生长和林下天然更新较好，森林病虫害较少，森林质量总体较高。

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