保护区大型真菌包括2个亚门5纲10目31科81属，共192种，具有开发利用价值的资源真菌有123种，其中食用菌85种（包括多种用途兼有种，下同），药用菌10种，抗癌菌28种，毒菌30种，可驯化培养的食用菌14种。有国家Ⅱ级保护种1种（冬虫夏草）。根据初步鉴定，发现甘肃新纪录种达25种之多，初步断定有多种新种，最后结论尚需进一步考证。

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